REINVENT4

支持多种分子生成方式，包括直接生成、相似度生成、骨架生成和Linker生成。

使用步骤

1.选择生成方式

1.1 直接生成

无需输入SMILES分子式。

1.2 相似度生成

基于输入的SMILES结构，计算生成结果。需要输入SMILES分子式。

C[N@@H+](CC(=0)NC(N)=0)[C@H]1CCCN(c2ccccc2)C1 
CC[N@H+]1ccc[c@@H]1CNC(=0)C(=0)NCC(C)C 
CC[N@H+]1CCC[C@H]1CNC(=0)C(=0)NCC(C)C 

1.3 骨架生成

基于输入的SMILES结构骨架。需要输入SMILES分子式。

支持两种输入：

• 普通 SMILES（推荐）：系统自动提取分子骨架（Murcko 骨架），并在侧链切除位置标记 * 附着点。例如 CC(C)Cc1ccc(cc1)C(C)C(=O)O 自动转换为 *c1ccc(*)cc1。
• 特殊格式 SMILES：直接输入含 * 附着点的骨架（如 *c1ccc(*)cc1），系统原样使用。

无环系（无骨架）的分子无法转换，将被剔除。

1.4 Linker生成

基于输入SMILES，计算生成结果。需要输入SMILES分子式。

支持两种输入：

• 普通 SMILES（推荐）：系统自动选择最均衡的非环单键将分子切为两个片段，切口处标记 *。例如 c1ccc(cc1)CCO 自动转换为 *CCO.*c1ccccc1。
• 特殊格式 SMILES：直接输入 *片段1.*片段2 格式（两片段各带一个 * 切口），系统原样使用。

多片段输入（如 CCO.CCC）取最大的两个片段分别标记切口；无非环单键可切的分子（如稠环芳烃）将被剔除。

2.选择生成数量

选择分子生成的数量，[1,100]。

3.查看任务

在运行历史中查看任务状态，可点击下载任务结果。

结果说明

• 文件说明：计算结果生成一个分子csv结果文件夹压缩tar包，主要内容如下：

  • output.csv生成分子文件。

  # tar 包
  output/
  └── output.csv
  

• 参数介绍

  • output.csv文件记录了各配体的亲和力打分数据

  参数名称	参数介绍	备注
  SMILES	分子式	生成的分子式
  SMILES_state	分子状态	生成的分子状态
  Input_SMILES	输入分子式	参考分子式
  Tanimoto	相似度	生成分子与 Input_SMILES 之间的 Tanimoto 相似度（基于分子指纹，通常是 Morgan/ECFP 指纹）
  NLL	负对数似然	参考指标