# ADMET预测
ADMET预测在药物设计和研发中的作用至关重要。这一过程涉及对候选药物分子的吸收(Absorption)、分布(Distribution)、代谢(Metabolism)、排泄(Excretion)以及毒理学(Toxicity)性质的评估。了解这些分子特性可以帮助研究者快速识别潜在的药物候选分子,并淘汰那些可能存在安全问题或效果不佳的分子。
优势:加速筛选效率,提供了快速且准确的ADMET特性预测,通过用户友好的网络界面简化了操作流程,加速药物筛选过程。 算法先进性,采用Chemprop-RDKit图神经网络架构,该模型在Therapeutics Data Commons (TDC) 提供的高质量 ADMET 数据集上训练,展现了优异的预测性能,确保了预测的科学性和可靠性。
# 使用步骤
1.输入小分子SMILES数据
2.提交计算
点击【提交】按钮
# 结果说明
文件说明:计算结果生成一个包含 ADMET 预测结果的压缩tar包,主要内容如下:
result.csv:分子ADMET属性值结果csv文件
# tar 包 output/ └── result.csv参数介绍
scores.csv文件记录了各分子ADMET属性值数据
参数名称 参数介绍 备注 ID 分子标识 计算中唯一,来源多为分子库标识,通过从配体csv文件中读取 SMILES 分子式 通过从配体csv文件中读取,需要使用标准SMILES格式 molecular_weight 分子量(单位:g/mol) 由 RDKit 计算,用于评估分子大小 logP 脂水分配系数(辛醇-水) 衡量亲脂性;高 logP 可能影响溶解度和毒性 hydrogen_bond_acceptors 氢键受体数量 通常指 O、N 等原子;影响膜通透性和溶解度 hydrogen_bond_donors 氢键供体数量 通常指 OH、NH 等基团;影响吸收和渗透性 Lipinski 是否符合 Lipinski 五规则(0/1) 1 表示符合“类药五规则”(MW ≤ 500, logP ≤ 5, HBD ≤ 5, HBA ≤ 10) QED Quantitative Estimate of Drug-likeness(0–1) 综合评估类药性,值越高越理想 stereo_centers 立体中心数量 影响合成难度和代谢复杂性 tpsa 极性表面积(Topological Polar Surface Area, Ų) 预测膜通透性和 BBB 渗透能力;通常 <90 Ų 有利于口服吸收 HIA_Hou 人体肠道吸收(Human Intestinal Absorption)概率 >0.8 通常表示良好吸收 PAMPA_NCATS 人工膜渗透性(Parallel Artificial Membrane Permeability Assay)概率 模拟被动跨膜转运 Caco2_Wang Caco-2 细胞渗透性(log Papp) 预测肠道吸收能力 Bioavailability_Ma 口服生物利用度(≥0.1 判定为高)概率 基于 Ma et al. 数据集 BBB_Martins 血脑屏障穿透(Blood-Brain Barrier)概率 高值表示可能进入 CNS PPBR_AZ 血浆蛋白结合率(Plasma Protein Binding Rate, %) 高结合率可能降低游离药物浓度 VDss_Lombardo 稳态分布容积(Volume of Distribution, log L/kg) 反映药物在体内的分布广度 CYP1A2_Veith CYP1A2 酶抑制概率 抑制可能导致药物相互作用 CYP2C19_Veith CYP2C19 酶抑制概率 同上 CYP2C9_Veith CYP2C9 酶抑制概率 同上 CYP2D6_Veith CYP2D6 酶抑制概率 同上 CYP3A4_Veith CYP3A4 酶抑制概率 同上 CYP2C9_Substrate_CarbonMangels 是否为 CYP2C9 酶底物(概率) 是底物则可能被快速代谢 CYP2D6_Substrate_CarbonMangels 是否为 CYP2D6 酶底物(概率) 同上 CYP3A4_Substrate_CarbonMangels 是否为 CYP3A4 酶底物(概率) 同上 Clearance_Hepatocyte_AZ 肝细胞清除率(log mL/min/kg) 高清除率意味着短半衰期 Clearance_Microsome_AZ 微粒体清除率(log mL/min/kg) 体外代谢稳定性指标 Half_Life_Obach 体内半衰期(小时) 长半衰期可减少给药频率 AMES Ames 致突变试验阳性概率 >0.5 提示潜在致突变性 hERG hERG 钾通道抑制概率 高风险可致心律失常(QT 延长) DILI 药物性肝损伤(Drug-Induced Liver Injury)概率 重要安全性终点 Carcinogens_Lagunin 致癌性概率 基于 Lagunin 数据集 ClinTox 临床毒性(FDA 批准药物 vs. 临床失败化合物)概率 预测是否具有严重毒性 Skin_Reaction 皮肤致敏/反应概率 安全性评估指标 LD50_Zhu 大鼠口服半数致死剂量(log mg/kg) 值越低毒性越高 NR-AR 雄激素受体(Androgen Receptor)干扰概率 内分泌干扰风险 NR-AR-LBD 雄激素受体配体结合域干扰概率 同上 NR-ER 雌激素受体(Estrogen Receptor)干扰概率 同上 NR-ER-LBD 雌激素受体配体结合域干扰概率 同上 NR-AhR 芳香烃受体(Aryl Hydrocarbon Receptor)激活概率 毒性通路相关 NR-Aromatase 芳香化酶抑制概率 影响雌激素合成 NR-PPAR-gamma 过氧化物酶体增殖物激活受体γ干扰概率 与代谢和毒性相关 SR-p53 p53 应激通路激活概率 反映 DNA 损伤响应 SR-ARE 抗氧化反应元件(Antioxidant Response Element)激活概率 氧化应激指标 SR-ATAD5 ATAD5 基因毒性通路激活概率 遗传毒性标志 SR-HSE 热休克元件(Heat Shock Element)激活概率 蛋白质稳态应激 SR-MMP 线粒体膜电位扰动概率 线粒体毒性指标 Lipophilicity_AstraZeneca 脂溶性(logD) 来自 AstraZeneca 数据集 Solubility_AqSolDB 水溶性(log mol/L) 负值越大表示溶解度越低 HydrationFreeEnergy_FreeSolv` 水合自由能(kcal/mol) 负值表示易溶于水 molecular_weight
drugbank_approved_percentile分子量在 DrugBank 批准药物中的百分位值为 0–100,表示优于多少比例的已批准药物logP
drugbank_approved_percentilelogP 在 DrugBank 批准药物中的百分位同上hydrogen_bond_acceptors
drugbank_approved_percentile氢键受体数在 DrugBank 批准药物中的百分位同上hydrogen_bond_donors
drugbank_approved_percentile氢键供体数在 DrugBank 批准药物中的百分位同上Lipinski
drugbank_approved_percentileLipinski 规则符合情况在 DrugBank 中的百分位注意:Lipinski 为二元变量,百分位反映“符合比例”的相对位置QED
drugbank_approved_percentileQED 值在 DrugBank 批准药物中的百分位同上stereo_centers
drugbank_approved_percentile立体中心数在 DrugBank 批准药物中的百分位同上tpsa
drugbank_approved_percentileTPSA 在 DrugBank 批准药物中的百分位同上AMES
drugbank_approved_percentileAMES 预测值在 DrugBank 批准药物中的百分位同上BBB_Martins
drugbank_approved_percentileBBB 穿透预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上Bioavailability_Ma
drugbank_approved_percentile口服生物利用度预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上CYP1A2_Veith
drugbank_approved_percentileCYP1A2 抑制预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上CYP2C19_Veith
drugbank_approved_percentileCYP2C19 抑制预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上CYP2C9_Substrate_CarbonMangels
drugbank_approved_percentileCYP2C9 底物预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上CYP2C9_Veith
drugbank_approved_percentileCYP2C9 抑制预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上CYP2D6_Substrate_CarbonMangels
drugbank_approved_percentileCYP2D6 底物预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上CYP2D6_Veith
drugbank_approved_percentileCYP2D6 抑制预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上CYP3A4_Substrate_CarbonMangels
drugbank_approved_percentileCYP3A4 底物预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上CYP3A4_Veith
drugbank_approved_percentileCYP3A4 抑制预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上Carcinogens_Lagunin
drugbank_approved_percentile致癌性预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上ClinTox
drugbank_approved_percentile临床毒性预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上DILI
drugbank_approved_percentile肝毒性预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上HIA_Hou
drugbank_approved_percentile肠道吸收预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上NR-AR-LBD
drugbank_approved_percentileNR-AR-LBD 干扰预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上NR-AR
drugbank_approved_percentileNR-AR 干扰预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上NR-AhR
drugbank_approved_percentileNR-AhR 激活预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上NR-Aromatase
drugbank_approved_percentile芳香化酶抑制预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上NR-ER-LBD
drugbank_approved_percentileNR-ER-LBD 干扰预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上NR-ER
drugbank_approved_percentileNR-ER 干扰预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上NR-PPAR-gamma
drugbank_approved_percentileNR-PPAR-gamma 干扰预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上PAMPA_NCATS
drugbank_approved_percentilePAMPA 渗透性预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上Pgp_Broccatelli
drugbank_approved_percentileP-糖蛋白底物预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上SR-ARE
drugbank_approved_percentileSR-ARE 激活预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上SR-ATAD5
drugbank_approved_percentileSR-ATAD5 激活预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上SR-HSE
drugbank_approved_percentileSR-HSE 激活预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上SR-MMP
drugbank_approved_percentileSR-MMP 扰动预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上SR-p53
drugbank_approved_percentileSR-p53 激活预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上Skin_Reaction
drugbank_approved_percentile皮肤反应预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上hERG
drugbank_approved_percentilehERG 抑制预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上Caco2_Wang
drugbank_approved_percentileCaco-2 渗透性预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上Clearance_Hepatocyte_AZ
drugbank_approved_percentile肝细胞清除率预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上Clearance_Microsome_AZ
drugbank_approved_percentile微粒体清除率预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上Half_Life_Obach
drugbank_approved_percentile半衰期预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上HydrationFreeEnergy_FreeSolv
drugbank_approved_percentile水合自由能预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上LD50_Zhu
drugbank_approved_percentileLD50 预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上Lipophilicity_AstraZeneca
drugbank_approved_percentile脂溶性预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上PPBR_AZ
drugbank_approved_percentile血浆蛋白结合率预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上Solubility_AqSolDB
drugbank_approved_percentile水溶性预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上VDss_Lombardo
drugbank_approved_percentile分布容积预测在 DrugBank 批准药物中的百分位同上