# ADMET预测

ADMET预测在药物设计和研发中的作用至关重要。这一过程涉及对候选药物分子的吸收(Absorption)、分布(Distribution)、代谢(Metabolism)、排泄(Excretion)以及毒理学(Toxicity)性质的评估。了解这些分子特性可以帮助研究者快速识别潜在的药物候选分子,并淘汰那些可能存在安全问题或效果不佳的分子。

优势:加速筛选效率,提供了快速且准确的ADMET特性预测,通过用户友好的网络界面简化了操作流程,加速药物筛选过程。 算法先进性,采用Chemprop-RDKit图神经网络架构,该模型在Therapeutics Data Commons (TDC) 提供的高质量 ADMET 数据集上训练,展现了优异的预测性能,确保了预测的科学性和可靠性。

# 使用步骤

1.输入小分子SMILES数据

2.提交计算

点击【提交】按钮

# 结果说明

  • 文件说明:计算结果生成一个包含 ADMET 预测结果的压缩tar包,主要内容如下:

    • result.csv:分子ADMET属性值结果csv文件
    # tar 包
    output/
    └── result.csv
    
  • 参数介绍

    • scores.csv文件记录了各分子ADMET属性值数据
    参数名称 参数介绍 备注
    ID 分子标识 计算中唯一,来源多为分子库标识,通过从配体csv文件中读取
    SMILES 分子式 通过从配体csv文件中读取,需要使用标准SMILES格式
    molecular_weight 分子量(单位:g/mol) 由 RDKit 计算,用于评估分子大小
    logP 脂水分配系数(辛醇-水) 衡量亲脂性;高 logP 可能影响溶解度和毒性
    hydrogen_bond_acceptors 氢键受体数量 通常指 O、N 等原子;影响膜通透性和溶解度
    hydrogen_bond_donors 氢键供体数量 通常指 OH、NH 等基团;影响吸收和渗透性
    Lipinski 是否符合 Lipinski 五规则(0/1) 1 表示符合“类药五规则”(MW ≤ 500, logP ≤ 5, HBD ≤ 5, HBA ≤ 10)
    QED Quantitative Estimate of Drug-likeness(0–1) 综合评估类药性,值越高越理想
    stereo_centers 立体中心数量 影响合成难度和代谢复杂性
    tpsa 极性表面积(Topological Polar Surface Area, Ų) 预测膜通透性和 BBB 渗透能力;通常 <90 Ų 有利于口服吸收
    HIA_Hou 人体肠道吸收(Human Intestinal Absorption)概率 >0.8 通常表示良好吸收
    PAMPA_NCATS 人工膜渗透性(Parallel Artificial Membrane Permeability Assay)概率 模拟被动跨膜转运
    Caco2_Wang Caco-2 细胞渗透性(log Papp) 预测肠道吸收能力
    Bioavailability_Ma 口服生物利用度(≥0.1 判定为高)概率 基于 Ma et al. 数据集
    BBB_Martins 血脑屏障穿透(Blood-Brain Barrier)概率 高值表示可能进入 CNS
    PPBR_AZ 血浆蛋白结合率(Plasma Protein Binding Rate, %) 高结合率可能降低游离药物浓度
    VDss_Lombardo 稳态分布容积(Volume of Distribution, log L/kg) 反映药物在体内的分布广度
    CYP1A2_Veith CYP1A2 酶抑制概率 抑制可能导致药物相互作用
    CYP2C19_Veith CYP2C19 酶抑制概率 同上
    CYP2C9_Veith CYP2C9 酶抑制概率 同上
    CYP2D6_Veith CYP2D6 酶抑制概率 同上
    CYP3A4_Veith CYP3A4 酶抑制概率 同上
    CYP2C9_Substrate_CarbonMangels 是否为 CYP2C9 酶底物(概率) 是底物则可能被快速代谢
    CYP2D6_Substrate_CarbonMangels 是否为 CYP2D6 酶底物(概率) 同上
    CYP3A4_Substrate_CarbonMangels 是否为 CYP3A4 酶底物(概率) 同上
    Clearance_Hepatocyte_AZ 肝细胞清除率(log mL/min/kg) 高清除率意味着短半衰期
    Clearance_Microsome_AZ 微粒体清除率(log mL/min/kg) 体外代谢稳定性指标
    Half_Life_Obach 体内半衰期(小时) 长半衰期可减少给药频率
    AMES Ames 致突变试验阳性概率 >0.5 提示潜在致突变性
    hERG hERG 钾通道抑制概率 高风险可致心律失常(QT 延长)
    DILI 药物性肝损伤(Drug-Induced Liver Injury)概率 重要安全性终点
    Carcinogens_Lagunin 致癌性概率 基于 Lagunin 数据集
    ClinTox 临床毒性(FDA 批准药物 vs. 临床失败化合物)概率 预测是否具有严重毒性
    Skin_Reaction 皮肤致敏/反应概率 安全性评估指标
    LD50_Zhu 大鼠口服半数致死剂量(log mg/kg) 值越低毒性越高
    NR-AR 雄激素受体(Androgen Receptor)干扰概率 内分泌干扰风险
    NR-AR-LBD 雄激素受体配体结合域干扰概率 同上
    NR-ER 雌激素受体(Estrogen Receptor)干扰概率 同上
    NR-ER-LBD 雌激素受体配体结合域干扰概率 同上
    NR-AhR 芳香烃受体(Aryl Hydrocarbon Receptor)激活概率 毒性通路相关
    NR-Aromatase 芳香化酶抑制概率 影响雌激素合成
    NR-PPAR-gamma 过氧化物酶体增殖物激活受体γ干扰概率 与代谢和毒性相关
    SR-p53 p53 应激通路激活概率 反映 DNA 损伤响应
    SR-ARE 抗氧化反应元件(Antioxidant Response Element)激活概率 氧化应激指标
    SR-ATAD5 ATAD5 基因毒性通路激活概率 遗传毒性标志
    SR-HSE 热休克元件(Heat Shock Element)激活概率 蛋白质稳态应激
    SR-MMP 线粒体膜电位扰动概率 线粒体毒性指标
    Lipophilicity_AstraZeneca 脂溶性(logD) 来自 AstraZeneca 数据集
    Solubility_AqSolDB 水溶性(log mol/L) 负值越大表示溶解度越低
    HydrationFreeEnergy_FreeSolv` 水合自由能(kcal/mol) 负值表示易溶于水
    molecular_weight
    drugbank_approved_percentile
    分子量在 DrugBank 批准药物中的百分位
    值为 0–100,表示优于多少比例的已批准药物
    logP
    drugbank_approved_percentile
    logP 在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    hydrogen_bond_acceptors
    drugbank_approved_percentile
    氢键受体数在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    hydrogen_bond_donors
    drugbank_approved_percentile
    氢键供体数在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    Lipinski
    drugbank_approved_percentile
    Lipinski 规则符合情况在 DrugBank 中的百分位
    注意:Lipinski 为二元变量,百分位反映“符合比例”的相对位置
    QED
    drugbank_approved_percentile
    QED 值在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    stereo_centers
    drugbank_approved_percentile
    立体中心数在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    tpsa
    drugbank_approved_percentile
    TPSA 在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    AMES
    drugbank_approved_percentile
    AMES 预测值在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    BBB_Martins
    drugbank_approved_percentile
    BBB 穿透预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    Bioavailability_Ma
    drugbank_approved_percentile
    口服生物利用度预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    CYP1A2_Veith
    drugbank_approved_percentile
    CYP1A2 抑制预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    CYP2C19_Veith
    drugbank_approved_percentile
    CYP2C19 抑制预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    CYP2C9_Substrate_CarbonMangels
    drugbank_approved_percentile
    CYP2C9 底物预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    CYP2C9_Veith
    drugbank_approved_percentile
    CYP2C9 抑制预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    CYP2D6_Substrate_CarbonMangels
    drugbank_approved_percentile
    CYP2D6 底物预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    CYP2D6_Veith
    drugbank_approved_percentile
    CYP2D6 抑制预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    CYP3A4_Substrate_CarbonMangels
    drugbank_approved_percentile
    CYP3A4 底物预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    CYP3A4_Veith
    drugbank_approved_percentile
    CYP3A4 抑制预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    Carcinogens_Lagunin
    drugbank_approved_percentile
    致癌性预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    ClinTox
    drugbank_approved_percentile
    临床毒性预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    DILI
    drugbank_approved_percentile
    肝毒性预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    HIA_Hou
    drugbank_approved_percentile
    肠道吸收预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    NR-AR-LBD
    drugbank_approved_percentile
    NR-AR-LBD 干扰预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    NR-AR
    drugbank_approved_percentile
    NR-AR 干扰预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    NR-AhR
    drugbank_approved_percentile
    NR-AhR 激活预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    NR-Aromatase
    drugbank_approved_percentile
    芳香化酶抑制预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    NR-ER-LBD
    drugbank_approved_percentile
    NR-ER-LBD 干扰预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    NR-ER
    drugbank_approved_percentile
    NR-ER 干扰预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    NR-PPAR-gamma
    drugbank_approved_percentile
    NR-PPAR-gamma 干扰预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    PAMPA_NCATS
    drugbank_approved_percentile
    PAMPA 渗透性预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    Pgp_Broccatelli
    drugbank_approved_percentile
    P-糖蛋白底物预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    SR-ARE
    drugbank_approved_percentile
    SR-ARE 激活预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    SR-ATAD5
    drugbank_approved_percentile
    SR-ATAD5 激活预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    SR-HSE
    drugbank_approved_percentile
    SR-HSE 激活预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    SR-MMP
    drugbank_approved_percentile
    SR-MMP 扰动预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    SR-p53
    drugbank_approved_percentile
    SR-p53 激活预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    Skin_Reaction
    drugbank_approved_percentile
    皮肤反应预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    hERG
    drugbank_approved_percentile
    hERG 抑制预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    Caco2_Wang
    drugbank_approved_percentile
    Caco-2 渗透性预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    Clearance_Hepatocyte_AZ
    drugbank_approved_percentile
    肝细胞清除率预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    Clearance_Microsome_AZ
    drugbank_approved_percentile
    微粒体清除率预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    Half_Life_Obach
    drugbank_approved_percentile
    半衰期预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    HydrationFreeEnergy_FreeSolv
    drugbank_approved_percentile
    水合自由能预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    LD50_Zhu
    drugbank_approved_percentile
    LD50 预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    Lipophilicity_AstraZeneca
    drugbank_approved_percentile
    脂溶性预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    PPBR_AZ
    drugbank_approved_percentile
    血浆蛋白结合率预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    Solubility_AqSolDB
    drugbank_approved_percentile
    水溶性预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上
    VDss_Lombardo
    drugbank_approved_percentile
    分布容积预测在 DrugBank 批准药物中的百分位
    同上