蛋白质预处理

用于PDB靶点文件预处理的工具，核心作用是修复靶点文件中的结构缺陷、标准化分子结构，为分子动力学（MD）模拟、对接等后续计算生物学分析铺路，轻量且易用，是科研和工业界预处理靶点文件的常用工具。

模块特点

• 结构修复：自动识别并补全蛋白质的缺失残基、侧链原子，同时修复不合理的键长、键角等几何结构问题。
• 分子标准化：统一原子命名（适配 AMBER、CHARMM 等力场规范），去除水分子、配体、离子等非目标成分（可自定义保留）。
• 质子化处理：根据指定 pH 值自动分配氨基酸残基的质子化状态（如组氨酸的不同质子化形式），满足力场参数分配需求。
• 格式兼容：支持读取标准靶点文件，输出可直接用于 GROMACS、AMBER 等主流 MD 软件的结构文件（PDB格式）。

使用步骤

打开神农量子云平台 (opens new window)【靶点准备-蛋白质预处理】模块。

1.上传蛋白质 上传蛋白质文件。

格式要求：标准PDB格式。

2.选取参数 选择靶点处理的参数值

pH值：用于控制质子化状态，默认通常为7。

修复选项：包括是否补全缺失原子、修复键长键角等。

保留成分：可选择是否保留水分子、特定配体或离子。

3.提交任务

在历史任务中查看任务状态。

结果说明

• 文件说明：计算结果生成一个包含对接信息的文件夹压缩tar包，主要内容如下：

  • processed.pdb:预处理后的蛋白质文件
  • *.err: 处理失败的错误日志文件

  # tar 包
  output/
  ├── processed.pdb
  └── *.err
  

• 使用指南 靶点预处理能有效解决药物筛选中靶点蛋白的计算条件设置问题。