Boltz-2

Boltz-2是一种新的生物分子基础模型，超越了AlphaFold3和Boltz-1，通过联合建模复杂结构和结合亲和力，这是实现精确分子设计的关键组成部分。Boltz-2是首个能够接近基于物理的自由能微扰（FEP）方法精度的深度学习模型，同时运行速度快1000倍——使计算机筛查的准确性在早期药物发现中变得切实可行。

模块特点

多模态复合物建模：蛋白、DNA、RNA 与小分子共同折叠/配位的三维结构预测。

结合亲和力预测：输出连续亲和力估计与“binder/decoy”概率，用于排序与富集。

使用步骤

打开神农量子云平台 (opens new window)【结合自由能-Boltz-2 】模块。

步骤1：上传蛋白质序列文件

上传fasta格式蛋白质序列文件

>AAN59974.1 histone H2A [Homo sapiens]
MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK

注意：fasta文件格式可以使用蛋白质格式转换工具转换，例如使用openbabel。

步骤2：上传蛋白质序列a3m文件

上传蛋白质的.a3m格式数据文件

a3m文件获取方式见获取a3m

步骤3：上传小分子配体文件

输入SMILES

O=C(O[C@@H]1C[C@@H]2C[C@H]3C[C@H](C1)N2CC3=O)c1c[nH]c2ccccc12
CN/C(=C\[N+](=O)[O-])NCCSCc1ccc(CN(C)C)o1
Cc1ccc(cc1)C(=O)Nc1c2ccccc2nc1

文件中每行包含一个小分子的SMILES格式结构。

或上传CSV格式小分子文件

ID	SMILES
CHEM_03	C#C[C@]1(OC(C)=O)CC[C@H]2[C@@H]3CCC4=CC@@HCC[C@@H]4[C@H]3CC[C@@]21C
CHEM_04	CCCCC1=NC2(CCCC2)C(=O)N1Cc1ccc(-c2ccccc2-c2nn[nH]n2)cc1
CHEM_05	CC(C)(C)c1ccc(cc1)C(=O)Nc1cccc(c1)c1ccc(cc1)O

csv文件必须包含ID和SMILES列，可以有其他列，其他列不进行计算。

SMILES格式必须是标准的，避免出现符合或未确定原子的表达式。

结果说明

• 文件说明：计算结果生成一个包含对接信息的文件夹压缩tar包，主要内容如下：

  • scores.csv文件记录了各配体的结合亲和力打分。
  • conplex:筛选的复合物三维构象，cif格式。

  # tar 包
  output/
  ├── scores.csv
  └── conplex/
    ├── affinity_ZINC000003876023_model_0.cif
    ├── affinity_ZINC000001530728_model_0.cif
    └── affinity_ZINC000003872931_model_0.cif
  

• 参数介绍

  • scores.csv文件记录了各配体的亲和力打分数据

  参数名称	参数介绍	备注
  ID	分子标识	计算中唯一，来源多为分子库标识，通过从配体csv文件中读取
  g	能量评分	或模型内部的能量-like 评分，并非物理可解释的自由能（ΔG）
  p	分类概率	复合物形成的置信度

• 使用指引 根据筛选的结果，可以进一步筛选并优化候选分子，以供药物开发的后续实验验证。

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附录：

获取a3m

访问工具网站 a3m工具网站 (opens new window) ，点击返回

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注意

如果此数据有计算历史，会提示从历史中加载，还是继续计算。

下载

在浏览器下载窗口可查看下载进度，命名如 hhblits_full_{任务ID}.a3m。 建议：将下载文件重命名中加入蛋白质ID，避免忘记对应的蛋白质。